System e-Deklaracje zapewnia możliwość weryfikacji podpisu złożonego pod dokumentem elektronicznym. W celu weryfikacji podpisu należy wybrać z menu opcję Narzędzia -> Weryfikacja dokumentu. Należy następnie wskazać podpisany dokument w wyświetlonym formularzu. Nastąpi weryfikacja poprawności dokumentu, w tym weryfikacja podpisu.
Weryfikacja podpisu pod Urzędowym Poświadczeniem Przedłożenia jest możliwa za pomocą dowolnego klienta pocztowego, np. Thunderbird. Po otworzeniu wiadomości, w oknie wiadomości wyświetlona zostanie informacja o opatrzeniu wiadomości podpisem elektronicznym oraz informacja o poprawności podpisu.